معلومة

نصوص متعددة تطابق نفس الجين في بيانات RNA-seq المجمعة من de novo ، لكن قيم FPKM تختلف؟

نصوص متعددة تطابق نفس الجين في بيانات RNA-seq المجمعة من de novo ، لكن قيم FPKM تختلف؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لدي مجموعة بيانات من مجموعات بيانات RNA-seq المجمعة من de novo عبر أنواع عينات مختلفة.

عند التفجير ، تتطابق العديد من مطابقة النصوص الفردية مع نفس الجين الموجود في الجينوم المرجعي. ومع ذلك ، فإن كل نسخة فردية لها قيمة FPKM الفريدة الخاصة بها.

أنا في حيرة من أمري ، أولاً ، كيف يمكنك الحصول على تسلسلات متعددة من نفس الجين بقيم FPKM مختلفة - وبالطبع ، أتساءل أيضًا ما هو النهج المناسب للتحليل اللاحق. هل يجب علي فقط إضافة قيم FPKM معًا للتسلسلات التي لها نفس التطابقات؟


إذا تم القياس الكمي على مستوى النص ، فسيكون لكل نسخة محددة لجين معين عدد مختلف من القراءات المنسوبة إليه ، وبالتالي قيمة RPKM مختلفة.

للتحليل اللاحق ، يمكنك المتابعة على مستوى النص.

أعتقد أنه لا يمكنك جمع قيم FPKM بشكل مباشر ، لأنها تتناسب عكسياً مع أطوال النص ("K" تعني "by kilobase"). إذا كنت تريد إجراء التحليل اللاحق على مستوى الجينات واستخدام قيم FPKM ، فسيتعين عليك مضاعفة قيم FPKM للنصوص بأطوال النسخ المقابلة قبل التلخيص. ثم سيتعين عليك تقسيم هذا المجموع على طول الجين ، أو شيء من هذا القبيل.



تعليقات:

  1. Moritz

    آسف لمقاطعتك ، ولكن هل يمكنك وصفها بمزيد من التفاصيل.

  2. Beornet

    أهنئ يبدو لي أن هذه هي الفكرة الرائعة

  3. Neci

    أحسنت!

  4. Kifle

    في مكانك ، أود أن أتناول المساعدة إلى المشرف.

  5. Winefrith

    لم يسمع هاتف

  6. Doujin

    على الإطلاق لا أعرف ، لأقول



اكتب رسالة